Ein hundertjähriges evangelisches Glaubensleben wurde durch die auch in Eferding massiv einsetzende Gegenreformation ab 1624 vernichtet. Die Bevölkerung der Stadt litt unter den Kämpfen der
Gegenreformation. Die beiden Anführer der Bauernkriege waren Stefan Fadinger und Christoph Zeller.
Nach dem Tod ihres Anführers Stefan Fadinger verschanzten sich die Bauern im Emlinger Holz. Hier fand ein Verzweiflungskampf der Bauern gegen die Soldaten in ihren Schwarzpanzern statt. Viele
Bauern kämpften hier um ihre Freiheit.
Am 29.11.1626 war die große Schlacht der schlecht ausgerüsteten Bauern gegen die Kriegsherren im Emlinger Holz zu Ende. 3000 Bauern lagen tot auf der Wallstatt. Viele flüchteten und kamen im
sumpfigen Gebiet der Donauauen um.
Die gefangenen Anführer wurden am Hauptplatz in Linz hingerichtet. Darunter war auch der 4jährige Sohn eines Bauern.
Stefan Fadinger, der am Eferdinger Friedhof (damals noch um die Stadtpfarrkirche angelegt) beigesetzt war, wurde von seinen Feinden wieder ausgegraben und im wilden Moos bei Seebach mit Zeller
eingescharrt, denn hier war der Platz für verendete Tiere und über seinem Grab wurde ein Galgen errichtet. Seine Familie wurde vertrieben und sein Hof bei St. Agatha geschleift.
Das Reformationspatent verlangte Rückkehr zum römisch-katholischen Glauben oder Auswanderung bis Ostern 1626. Viele, besonders westlich von Eferding wohnende Gemeindeglieder, wanderten aus. Der
damalige Graf Erasmus von Starhemberg, der seiner evangelischen Lehre treu geblieben war, verkaufte seine Besitzungen und schloss sich der Auswanderung an. 1648 kehrte er krank in das Schloss
Gstöttenau zurück. Dort starb er und wurde in Hellmonsödt i.M. in der Starhemberggruft beigesetzt.